Kehadiran hama tentu memiliki dampak yang tidak baik untuk kesehatan dan hasil sarang burung walet, beberapa hama pengganggu yang sering muncul di gedung walet adalah seperti berikut:
1. Tikus
Hama ini benar-benar menggangu dan dapat merugikan pengelola rumah walet, karena tikus memakan telur, anak burung walet bahkan sarangnya. Tikus mendatangkan suara gaduh dan kotoran serta air kencingnya dapat menyebabkan bahu yang tidak nyaman bagi koloni walet. Cara pencegahan kehadiran tikus dengan menutup semua lubang, tidak menimbun barang bekas dan kayu-kayu yang akan digunakan untuk sarang tikus. Dan jangan lupa menaruh racun tikus di dalam gedung dan diluar gedung.
2. Semut
Serangga ini cukup menggangu, seperti semut hitam dan semut merah, bisa memakan anak walet dan mengganggu burung walet yang sedang bertelur. Cara pemberantasan dengan memberi umpan racun semut yang akan dibawah oleh semut-semut ke sarangnya. Tunggu beberapa lama semut-semut akan mati dengan koloninya
. 3. Kecoa
Kecoa selain menyebarkan penyakit kepada manusia, binatang ini juga memakan sarang burung sehingga menurunkan kualitas sarang burung. Untuk mengatasinya dapat digunakan racun kecoa yang tersedia dalam bentuk serbuk baik yang diumpan maupun yang disemprot ke sarang kecoa. Namun dalam pemakaian jenis semprot harus diperhatikan khusus untuk sirip jangan disemprot terlalu basah, karena ruang yang lembab bisa menyebabkan sirip lama mengering dan hal ini tentu harus dihindari.
4. Cicak dan Tokek
Binatang ini memakan telur dan sarang walet. Tokek dapat memakan anak burung walet. Kotorannya dapat mencemari ruangan dan suara yang ditimbulkan mengganggu ketenangan burung walet. Cara pemberantasan dengan diusir, ditangkap sedangkan penanggulangan dengan membuat saluran air di sekitar pagar untuk penghalang, tembok bagian luar di aci semen dan lubang ventilasi diberi kasa.
5. Burung Hantu dan Kelelawar
Hama yang satu ini banyak menggangu rumah walet yang berada di daerah yang memiliki hutan lebat dan pepohonan yang tinggi. Bila burung hantu bisa masuk kedalam rumah walet, selain membuat takut walet juga bisa menyerang walet.
Untuk mengatasinya, lubang masuk bisa diperkecil ukuranya sehingga burung hantu yang bertubuh cukup besar ini tidak bisa masuk lagi. Satu solusi lagi yang tidak sulit untuk diterapkan dan sangat efektif adalah dengan memasang lampu sorot dilubang masuk. Supaya tidak merepotkan hidup dan matinya lampu bisa dipasang timer, yang untuk saat ini sangat banyak dijual dipasaran baik yang digital maupun manual.
6. Burung Gereja
Burung gereja akan menutup semua ventilasi udara dengan sarangnya, sehingga akan mengganggu kenyamana walet dalam gedung. Cara mengatasinya adalah dengan menutup ventilasi udara dengan kasa.
